スタートアップに登録してあるアプリケーションの起動優先度を下げたいと思っていたところ、ショートカットのプロパティで変更可能であることを発見。リンク先の最初に以下の記述を書けばOK。
cmd /c start “” /low
foo.exeの場合には cmd /c start “” /low foo.exe となる。